小於 5 毫米的腎結石常可從尿液自行排出。有時結石造成阻塞與劇痛，可以使用止痛劑如 diclofenac，或平滑肌解痙劑如 buscopan，來使輸尿管擴張，加速結石排出。

患者最好多喝水，每天 2.5 公升以上，並適度運動，有助於排出結石。

較大的結石可能會造成嚴重阻塞，或合併血尿、感染等狀況，就需要泌尿科醫師介入處理了。

體外震波碎石術治療

自 1990 年代起，大部份的腎結石患者可以用體外震波碎石術 (Extracorporeal shock wave lithotripsy, ESWL) 治療，對身體的傷害極小，而且一般都不用住院。

有些無法用震波解決的結石則需要用內視鏡，如輸尿管鏡（從尿道口進入），或腎臟鏡（從腹側打一個洞進入腎臟），將結石打碎後夾出或洗出來。

打碎結石的方法有雷射、電擊、超音波、氣動彈道碎石、機械性夾碎等方法。

極少數的患者需要用傳統開刀的方式取出結石，大多是因為結石體積太大，而開刀也有一項優點，就是結石通常能完整地取出。

體外衝擊波碎石的副作用

體外衝擊波碎石和手術取石，多年的臨床觀察：腎結石體外衝擊波碎石後，仍有很高之復發率 (70-90% 以上)。

極少病患術後，缺少飲水或結石多次復發，可能損傷了腎功能：其機理是，自然形成的腎結石沒有鋒利的刃口，經碎石後造成許多有鋒利的刃口的小碎片，刺進腎內就很難排除；除碎石復發率很高外，亦可能造成腎痿縮、尿毒症。

患者應依醫師指示，多喝水，並適度運動，有助於排出結石。