消化系統疾病的臨床表現除消化系統本身症狀外，也常伴有其他系統或全身性症狀，有的消化系統症狀還不如其他系統的症狀明顯，容易造成誤診。消化系統疾病泛指發生在唾液腺、食管、胃、腸、肝、膽、胰腺、腹膜及腹膜等臟器的疾病。
因內視鏡技術的進步，消化道內視鏡除了可以診斷疾病以外，許多消化道疾病的治療，可以內視鏡處理，免除病患手術的痛苦。本科成立消化系內視鏡治療中心，本科由精湛內視鏡技術醫師組成，以內視鏡治療相關技術的發展與應用為職志，發展引進最先進治療技術，結合介入性放射診療科與一般外科團隊，擴大治療範圍，提供病患最先進、優值的醫療服務。
消化系內視鏡治療中心
傳統內視鏡
一般我們接受內視鏡檢查，所使用的儀器是傳統式的內視鏡。
在胃腸科的領域裡，內視鏡可以觀察的地方很多，從食道、胃、十二指腸，甚至到小腸的前段區。也可以從肛門進去，到直腸、結腸 〈大腸〉、甚至到小腸的末端區。因此很多胃腸道的疾病可以很輕易的被用內視鏡檢查發現到。
傳統的胃鏡不但可以用來診斷疾病 〈例如：發炎、潰瘍、癌症、阻塞〉； 也可以用來潰瘍止血和異物取出 〈例如：緊急內視鏡止血術及異物取出治療〉。食道擴張治療及支架置放術可以用來治療誤食鹽酸造成之食道狹窄與吞嚥困難 。
本中心內視鏡治療及重點發展項目另外涵蓋：乏特氏乳頭切開及取石術 、膽道狹窄氣球張治療及支架置放術、消化道息肉切除、黏膜腫瘤切除術、以及早期胃癌黏膜下腫瘤剝離術等 。
雙氣囊式小腸內視鏡診斷及治療
傳統式的內視鏡不容易用來檢查小腸小腸疾病：如小腸腫瘤、發炎性腸炎、血管病變、小腸黏膜病變等。
膠囊內視鏡外形似膠囊大小，內含前端攝影機、影像感應傳輸器和精密電池。 吞服下的膠囊內視鏡後， 不斷拍攝胃腸道的影像，並將所有影像資料傳送至體外之無線傳輸接受器。
膠囊內視鏡雖可達到全小腸觀察之目的，但針對病兆無法反覆觀察，亦無法施行切片檢查或治療 。
雙氣囊小腸鏡是由一條200公分的內視鏡和一條145公分的外套管所構成。利用小腸鏡及外套管的兩個氣囊反覆充氣、消氣及前進、後退來進行小腸檢查， 針對病兆能反覆觀察、沖洗、切片檢查或施予治療，是目前唯一能對全小腸做非手術之觀察及治療的方式。然而雙氣囊小式小腸鏡檢查時間較久，病人往往需要輕度麻醉，操作者有放射線曝露的問題。
檢查途徑又分「經口」及「經肛門」兩種，操作的困難度也較高。
膠囊內視鏡及雙氣囊小腸鏡的發展改變了胃腸科醫師對小腸疾病的診治，然而沒有一種檢查是完美無缺的，膠囊內視鏡無痛簡便卻無法治療，雙氣囊小腸鏡雖免於手術，但過程冗長及病患的不適仍難以避免。
胃腸道金屬支架置入術
胃腸道金屬支架應用於腸胃道阻塞的患者，可以用於良性或惡性引起阻塞；傳統於腸胃道的處理方式為大腸造口或者繞道手術；現由於治療性內視鏡的進步，對於阻塞的患者，在無法開刀或無法手術時，可以用金屬支架置入使其暢通；另一種應用於大腸腫瘤急性阻塞，可先放入支架後於三星期後再行開刀，可以減少開刀的併發症及使用造口的機會。
